Pewarna pendarfluor adalah sebatian dengan struktur khas, dan ciri strukturnya merangkumi tiga perkara berikut:
(1) Molekul mengandungi kumpulan pemancar pendarfluor, seperti kumpulan karbonil, ikatan berkembar nitrogen-nitrogen, ikatan berkembar karbon-nitrogen, dll.
(2) Molekul mengandungi kumpulan auokokrom. Kumpulan auxokrom membuat spektrum merah berubah dan meningkatkan kecekapan pendarfluor, seperti kumpulan amino primer, kumpulan amino sekunder, kumpulan hidroksil, ikatan eter, kumpulan amida dan sebagainya.
(3) Molekul mengandungi ikatan π terkonjugasi dengan struktur satah yang kaku. Semakin besar sistem konjugasi intramolekul, semakin kuat kelenturan, semakin tinggi intensiti pendarfluor. Beberapa faktor yang dapat meningkatkan tahap konjugasi dapat meningkatkan kecekapan pendarfluor dan mengalihkan panjang gelombang pendarfluor ke arah gelombang panjang.
